Su deposu temizliği, su deposunda oluşan bakteri, alg ve diğer mikroorganizmaların önlenmesi ve temizlenmesi için yapılan bir işlemdir.
Bu temizlik su deposunun içinde ve dışında yapılabilir. Su deposunun içinde yapılan temizlik, suyun içinde bulunan bakterileri ve algleri öldürür veya en azından azaltır. Dışındaki temizlik ise su deposunun dış yüzeyini ve çevresini temizlemek için yapılır.
Su deposunun içinde yapılan temizliği için, su deposuna suda çözünen bir temizleyici madde eklenir. Bu temizleyici madde suyun içinde bulunan bakterileri ve algleri öldürür veya en azından azaltır. Su deposunun dışındaki temizliği için ise deterjan veya sabun kullanılır.
Su deposu temizliği önemlidir çünkü su deposunda oluşan bakteriler, algler ve diğer mikroorganizmalar sağlık açısından risk oluşturabilir.
Endüstri tesislerinde, binalarda, okullarda, hastanelerde, otellerde ve restaurantlarda kullanılan su deposunun temizliği de oldukça önemlidir. Düzenli temizliğin yapılmaması sonucu suyun kirlenmesi ve bunun sonucu hastalıkların artması gözlemlenir. Ana şebekelerdeki su depolarının kirlenmesi ise salgın hastalıkları doğurmaktadır.
Sac depolar içme suyu için zaten uygun olmadığı için kullanılmamalıdır. Korozyon etkisiyle paslanmalar gözlemlenir ve ağır metaller vücuda alınır. Modüler su deposu kullanılacaksa içme suyunda yalnızca 304 kalite krom çelik, 316 kalite krom çelik ve GRP su deposu tercih edilmelidir. Yangın deposu ya da kullanım suyu deposu olarak kullanılacaksa hazır galvaniz (elektro galvaniz) ya da sıcak daldırma galvaniz kullanılabilir. Su deposu temizliği için metal su depolarında dikkat edilmesi gereken tuz ruhu gibi asitli temizlik ürünleri aşındırıcı özelliğinden dolayı kullanılmamalıdır.
Polietilen depo beyaz ya da açık renkli ise güneş ışığı almayan kapalı yere konulmalıdır. Çünkü plastik su depolarının içerisine güneş ışınlarının girmesi sonucu yosun ve koku oluşur. Bu nedenle çift katmanlı ve 3 katmanlı polietilen depoların tercih edilmesi daha uygun olacaktır. Depo içi temizliği için temiz bir fırça ve çamaşır suyu veya klor kullanılması sonrasında da su depolarının iyice durulanarak temizlenmesi gerekmektedir.